OnkoGenetiks Tümör Mutasyon Yükü & MSI – OnkoGenetiks – TMY & MSI

OnkoGenetiks™ Moleküler Profilleme ile kanser ile ilişkilendirilmiş 486 geni analiz eder. Opsiyonel olarak bu analiz Füzyon genleri, ve PDL-1 gibi diğer genetik parametreler ile CD-8 markerını da kullanarak genişletilebilmektedir.

OnkoGenetiks Moleküler Profilleme testi kanserin ilerlemesine neden olan genetik değişiklikleri belirler ve olası tüm tedavi alternatifleriyle ilgili detaylı bir rapor ile kişiye özel bir tedavi çözümü sunar.

Bu test ayrıca Tümör Mutasyon Yükü ile tümör genomunda bulunan mutasyonların toplam sayısının analizini yaparak, kanser terapisi için potansiyel bir biyobelirteç olma özelliğini taşımaktadır.

Moleküler Profilleme nedir?

Kanser ile ilişkili biyobelirteçlerin tespiti, kanser hastalarında kişiye özgü tedavi yaklaşımı için temel adım haline gelmiştir. Bu amaçla dizayn edilen “OnkoGenetiks™ Moleküler Profilleme” paneli, formalinle sabitlenmiş ve parafine gömülmüş (FFPE) veya taze tümör dokusu örneklerinde kapsamlı bir genomik profilleme analizi sunmaktadır.

Bu panel, farklı tümör tiplerindeki DNA varyantlarını belirlemek ve aynı zamanda immünoterapi biyobelirteçleri olan Tümör Mutasyon Yükü (TMY) ve Mikrosatellit İnstabilitesinin (MSI) tespiti için kullanılır. Test opsiyonel olarak CD8 markerı ile PDL-1 FISH analizlerini kapsar. Ek olarak 26 gen bölgesine ait 75 füzyon bölgesi de kanser türüne göre panel içerisine ekleyerek tedaviye yardımcı olası çözümleri genişletebilmektedir.

Yeni nesil dizileme (NGS) teknolojisinin kullanımı sayesinde, 486 gendeki varyantların eş zamanlı taranmasına olanak sağlayan bu geniş kapsamlı test paneli, örnek miktarının az olduğu durumlarda bile hızlı ve kapsamlı sonuçlar sunabilmektedir..

OnkoGenetiks™ Moleküler Profilleme ve TMY paneli sonucu elde edilen veriler ile;

Hedefe yönelik tedavi,
Kişiselleştirilmiş tedavi,
Akıllı ilaç / immünoterapi seçeneklerinin değerlendirilmesi mümkündür.

Neden OnkoGenetiks™ Moleküler Profilleme?

Doku bir patoloji konsültasyonu ile çalışma öncesi en uygun saflıkta hazırlanır ve örneğe ait tüm kalite kontrolleri tamamlandıktan sonra çalışmaya başlanır.
486 gendeki DNA varyantları, Mikrosatellit İnstabilitesi (MSI) ve Tümör Mutasyon Yükünün (TMY) tespit edilir. Ayrıca testin opsiyonel olarak diğer genetik parametreler ile genişletilme opsiyonu mevcuttur.
Kişiye özel tedavi seçeneklerinin belirlenmesine yardımcı olunur.
Kemoterapinin olası yan etkilerinden kaçınma olasılığı,
Kısa zamanda (14-21 iş günü) sonuçlar hazırlanmaktadır.
Yüksek hassasiyet ve okuma derinliği ile en doğru sonuçları hedefler.
QIAGEN Biyoinformatik çözümlerinin kullanımı sayesinde 10 milyondan fazla biyomedikal bulgu ve yayınlanmamış 1 milyondan fazla varyant-fenotip ilişkisine erişim imkânı sunar.

Tümör Mutasyon Yükü (TMY) nedir?

Tümör Mutasyon Yükü, belirli kanser immünoterapilerine yanıtların tahmin edilmesine yardımcı olabilecek yeni ve kantitatif bir biyobelirteçtir. Bu değer, bir tümör genomunun kodlama bölgesi başına düşen toplam mutasyon sayısını ifade eder. TMY ile bir tümördeki somatik mutasyonların miktarı ölçülerek neoantijenlerin yükü yaklaşık olarak değerlendirilir, böylece hastanın immünoterapiden fayda sağlayabilme olasılığına ilişkin bir belirteç görevi görür.

TMY analizinin çalışma prensibi nedir?

Yüksek TMY düzeyleri, bağışıklık sisteminin tümörleri tanımasına yardımcı olan daha yüksek neoantijen düzeyleri ile ilişkilendirilmektedir. Neoantijenler, vücudun normalde ürettiği proteinlerden farklı olduklarından yabancı olarak algılanarak, bağışıklık sistemi tarafından bir anti-tümör yanıtın oluşmasını tetikler.

Kanser immunoterapileri, bağışıklık sisteminin gücünden faydalanarak kanseri tedavi etme potansiyeline sahiptir. Ancak hastaların sadece %20-40’ı bu önemli ilaç sınıfına yanıt vermektedir. TMY, bazı tümör tiplerinde kanser immünoterapilerinden yararlanma olasılığı daha yüksek olan hastaların belirlenmesine yardımcı olabilir. Bu hastaların immünoterapi öncesinde belirlenmesi, tedavi sürecinde kritik olan zaman, tedavinin maliyeti ve yan etki potansiyeli açısından önem taşımaktadır.

TMY düzeyleri ile immünoterapi tedavilerine verilen yanıt arasındaki ilişkiler çeşitli çalışmalarda ortaya konulmuştur.

Yüksek TMY, düşük TMY'ye kıyasla, akciğer kanserinde anti-PD-1 immunoterapisi ile 4 kat daha uzun progresyonsuz sağkalım (PFS) ile ilişkilendirilmiştir.
(Rizvi et al. Mutational landscape determines sensitivity to PD-1 blockade in non-small cell lung cancer. 2015. Science. 348 (6230):124-128.)
Yüksek TMY, düşük TMY'ye kıyasla anti-CTLA-4 immunoterapisi ile tedavi edilen melanom hastalarında 3,5 yıl daha uzun genel sağkalım (OS) ile ilişkilendirilmiştir.
(Snyder et al. Genetic basis for clinical response to CTLA-4 blockade in melanoma. 2014. NEJ Medi. 371:2189-2199.)
TMB ile progresyonsuz sağkalım ve NSCLC, melanom, özofagogastrik kanser, SCCHN ve RCC için objektif cevap oranları arasında da anlamlı bir ilişki olduğu gösterilmiştir.
(Samstein et al. Tumor mutational load predicts survival after immunotherapy across multiple cancer types. 2019. Nature Genetics, 51, 202–206.)

MSI (Mikrosatellit İnstabilitesi) nedir?

Mikrosatellitler, kişinin yaşam süresi boyunca stabil durumda gözüken ve genomdaki fonksiyonları tam olarak bilinmeyen DNA tekrar dizileridir. Mikrosatellit İnstabilitesi (MSI); MMR (mismatch repair-uyuşmazlık onarımı) genlerindeki inaktivasyonlar sonucu tümör DNA'sında mikrosatellit tekrarlarında delesyon veya insersiyona bağlı değişikliklerin gözlenmesi durumudur. Bu durumda, spesifik hücrelerin (kanser hücreleri gibi) DNA'larında görülen mikrosatellitler, aynı bireyin normal hücrelerine ait DNA’larındaki tekrarlarından farklılık göstermektedir.

DNA uyuşmazlık onarımı (MMR) sistemi, hücrenin DNA hasarlarını onarmak için kullandığı mekanizmalardan biridir. MMR enzimlerini kodlayan genlerde mutasyon olduğunda, DNA dizilerindeki yanlış eşleşmeler onarılamaz ve mikrosatellit adı verilen hatalı DNA dizileri birikerek genomik kararsızlık oluşturur. DNA uyuşmazlık onarımındaki bu tip eksikliklerin yol açtığı Mikrosatellit İnstabilitesi (MSI) belirli tümör tiplerinde sıklıkla meydana gelmektedir.

MSI (Mikrosatellit İnstabilitesi) nasıl ölçülür?

Bir tümör mikrosatellit instabilite (MSI) gösteriyorsa, tümörün doku örneğindeki mikrosatellitler aynı kişiden alınan normal bir doku ile karşılaştırarak mikrosatellit instabilitesi tespit edilebilir. Genomik DNA hem tümörden hem de EDTA’lı kan örneğinden izole edilerek, Ulusal Kanser Enstitüsü tarafından belirlenen beş farklı mikrosatellit belirtecini (BAT25, BAT26, D5S346, D2S123, D17S250) içeren bir panel kullanılarak PCR analizi yapılır. Elde edilen PCR ürünleri kapiler elektroforez yöntemi ile fragman analizine tabi tutularak sonuçlar mikrosatellit instabilitesi açısından değerlendirilir.

Analiz edilen 5 mikrosatellit belirtecinden 2 veya daha fazla belirteçte (% 30-40'ından fazlasında) instabilite gözlemlenen tümörler MSI-H (yüksek-MSI) olarak tanımlanır. Analiz edilen 5 mikrosatellit belirtecinden sadece 1 tanesinde (%30-40'ından azında) instabilite gözlemlenen tümörler ise MSI-L (düşük-MSI) olarak tanımlanır. Mikrosatellit belirteçlerinden hiçbirinde instabilite gözlemlenmeyen tümörler de mikrosatellit stabil (MSS) olarak kabul edilir.

Genetiks, MSI testi için CAP (College of American Pathologist) den akredite olmuştur.

OnkoGenetiks™ Moleküler Profilleme & TMY analizinin genel iş akışı

Prosedürün ilk aşaması olarak formalinle fikse edilmiş ve parafinize edilmiş dokudan veya kandan DNA izolasyonu yapılır. QIAseq Targeted DNA Paneli ile kütüphane oluşturulması ve hedef DNA bölgelerinin zenginleştirilmesinin ardından Illumina NextSeq 550Dx sekanslama platformunda Yeni Nesil Dizileme (NGS) gerçekleştirilir. Ham sekans datasının analizinden sonra tespit edilen varyantlar QCI™ (QIAGEN Clinical Insight) veya IVA (Ingenuity®Variant Analysis) yazılımları kullanılarak yorumlanır.

Mikrosatellit Instabilitesi (MSI) paneli, MMR (Mismatch Repair) genlerine karşılık gelen 7 adet belirteç içermektedir. Bu DNA bölgelerinin spesifik primerler kullanılarak çoğaltılmasının ardından ABI 3500xL Genetic Analyzer cihazı ile MSI analizi gerçekleştirilir ve elde edilen veriler GeneMapper yazılımı ile yorumlanır. MSI sonuçlarının güvenilirliği için, doku ile birlikte eş zamanlı olarak kandan elde edilen DNA örneğinden yapılan MSI analizi ile olası kontaminasyonlar belirlenir.

İmmünoterapiler, son yıllarda cilt, mesane, akciğer ve böbrek gibi kanser türlerinde ve yanlış eşleşmenin onarılmasında (Mismatch Repair - MMR) eksiklikler olan tümörlerde kalıcı yanıtlarla umut vaat etmiştir.

Kanseri immünoterapi ile tedavi etmek son derece etkili bir yöntemdir. Ancak, sadece bazı hastalar bu tedavilere yanıt verir. Bu yüzden, immünoterapiden fayda sağlayabilecek hastaların doğru bir şekilde tespit edilebilmesinin güçlüğü, bu tedavinin başarısını sınırlayan en önemli etmendir.

Tümör mutasyon yükü (TMY), tümör genomunda bulunan mutasyonların toplam sayısını belirleyen yeni bir biyobelirteçtir. Bu sayede, kisiye özel uygulanan immunoterapi tedavisine yanıtının önceden tahmin edilebilmesini sağlar.

Amino asit dizisinde değişikliğe sebep olan mutasyonlar (Non-synonymous mutasyonlar), vücudun bağışıklık sistemi tarafından tanınan neoantijenlerin üretimine yol açabilir ve bu da anti-tümör özelliği taşıyan bir bağışıklık yanıtı oluşturur. Dolayısıyla yüksek mutasyon yükü barındıran tümörler daha fazla sayıda neoantijen üretme potansiyeline sahip oldukları için bağışıklık sisteminin hedefi haline gelir.

**Neoantijenler olması gerekenden farklı ve yeni proteinler olduğundan dolayı bağışıklık sistemini tetiklemektedirler.

Kişiye özel yeni nesil kanser testi sayesinde, doktorlar birçok kanser hastasına genetik özelliklerine dayanarak daha bireysel tedaviler sunabilirler.